瞳に宝石を宿し、特殊な能力を持つ「宝石様」が生まれる世界。
宝石様は「宝石箱」と呼ばれる広大な屋敷に住み、人々の願いを叶えることを務めとしている。

新たに宝石箱へやって来たのは、美しい宝石とは程遠い、鉄鉱石を瞳に宿した少女・ユニ。
宝石様として暮らし始めたものの、思うように人の役に立つことができないでいた。

そんななか出会ったのは、「宝石殺し」と噂されるアレクレア。
どうやら彼は、宝石箱の知られざる闇を追っているようで――？
共に真実に近づくため、ユニはアレクレアを手助けしながら、様々な宝石様に出会っていく。
やがて自身が、世界を変える存在になるとは、まだ知らずに……。